Η απόφαση του Συμβουλίου της 24ης Οκτωβρίου 1988, περί ιδρύσεως Πρωτοδικείου των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων,προέβλεπε ότι το Πρωτοδικείο συνεδριάζει κατά τμήματα συγκείμενα από τρεις ή πέντε δικαστές, ή εν ολομελεία.

Με απόφαση της 26ης Απριλίου 1999, το Συμβούλιο τροποποίησε την απόφαση του 1988 προσθέτοντας ότι το Πρωτοδικείο μπορεί να αποφαίνεται και ως μονομελές δικαστήριο (ΕΕ L 114 της 1.5.1999, σ. 52). Το Συμβούλιο θεώρησε αναγκαία αυτή την τροποποίηση ενόψει του φόρτου εργασίας του Πρωτοδικείου, ο οποίος, από της ιδρύσεως του Πρωτοδικείου, αυξήθηκε σημαντικά και αναμένεται να αυξηθεί περισσότερο λόγω των νέων διαφορών που αφορούν το δίκαιο της πνευματικής ιδιοκτησίας και, ιδίως την εφαρμογή του κανονισμού του 1993 για το κοινοτικό σήμα.

Κατά συνέπεια, το Πρωτοδικείο τροποποίησε στις 17 Μαΐου 1999, με την ομόφωνη έγκριση του Συμβουλίου, τον κανονισμό διαδικασίας του, προκειμένου να καθορίσει τις περιπτώσεις στις οποίες ένα μονομελές τμήμα μπορεί να κληθεί να αποφανθεί επί ορισμένης υποθέσεως και τη διαδικασία με την οποία μια υπόθεση μπορεί να εκδικαστεί από μονομελές τμήμα.

Όταν η υπόθεση δεν εγείρει δυσχερή νομικά ή πραγματικά ζητήματα, όταν είναι περιορισμένης σημασίας και δεν παρουσιάζει άλλες ιδιαίτερες περιστάσεις, μπορούν να εκδικάζονται από τον εισηγητή δικαστή αποφαινόμενο ως μονομελές τμήμα:

• υποθέσεις αφορώσες τους υπαλλήλους των Κοινοτήτων,
• ευθείες προσφυγές φυσικών ή νομικών προσώπων κατά των αποφάσεων του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, του Συμβουλίου και της Επιτροπής, ή της ΕΚΤ, που απευθύνονται σ' αυτά ή που τα αφορούν άμεσα και ατομικά, καθώς και αγωγές στον τομέα της εξωσυμβατικής ευθύνης της Κοινότητας, · εφόσον οι υποθέσεις αυτές εγείρουν μόνο ζητήματα που έχουν διευκρινιστεί με πάγια νομολογία ή ανήκουν σε σειρά υποθέσεων με το ίδιο αντικείμενο, από τις οποίες μία τουλάχιστον έχει κριθεί με ισχύ δεδικασμένου,
• υποθέσεις στις οποίες το Πρωτοδικείο έχει αρμοδιότητα δυνάμει ρήτρας διαιτησίας περιεχομένης σε σύμβαση συναφθείσα από την Κοινότητα ή για λογαριασμό της.

Την απόφαση περί υπαγωγής της υποθέσεως σε μονομελές τμήμα λαμβάνει ομοφώνως, αφού ακούσει τους διαδίκους, το τριμελές τμήμα ενώπιον του οποίου εκκρεμεί η υπόθεση. Όταν ένα κράτος μέλος ή ένα όργανο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων που είναι διάδικος αντιτίθεται στην εκδίκαση της υποθέσεως από μονομελές τμήμα, η υπόθεση κρατείται ή παραπέμπεται στο τμήμα στο οποίο ανήκει ο εισηγητής δικαστής.

Αποκλείεται η υπαγωγή σε μονομελές τμήμα:

των υποθέσεων που εγείρουν ζητήματα σχετικά με το κύρος πράξεως γενικής εφαρμογής·

των υποθέσεων που αφορούν την εφαρμογή

• των κανόνων περί ανταγωνισμού και περί ελέγχου των συγκεντρώσεων,
• των κανόνων περί κρατικών ενισχύσεων,
• των κανόνων περί μέτρων εμπορικής άμυνας,
• των κανόνων περί κοινής οργανώσεως των γεωργικών αγορών, με εξαίρεση τις υποθέσεις που ανήκουν σε σειρά υποθέσεων με το ίδιο αντικείμενο από τις οποίες μία έχει ήδη κριθεί με ισχύ δεδικασμένου·

των υποθέσεων που αφορούν προσφυγές κατά του Γραφείου Εναρμονίσεως στην Εσωτερική Αγορά (σήματα, σχέδια και υποδείγματα) και κατά του Κοινοτικού Γραφείου Φυτικών Ποικιλιών.

Αυτές οι τροποποιήσεις του κανονισμού διαδικασίας του Πρωτοδικείου καθώς και πρόσθετες λεπτομέρειες δημοσιεύτηκαν στην Επίσημη Εφημερίδα των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων (L 135, σ. 92) της 29.5.1999.