Dopo l'apparizione dell'encefalopatia spongiforme bovina (BSE), malattia detta "della mucca pazza", il governo del Regno Unito ha adottato varie misure per lottare contro questa malattia, al fine di ridurre i rischi per la salute umana. Contemporaneamente, esso ha istituito lo Spongiform Encephalopathy Advisory Committee (SEAC), organo scientifico autonomo, con funzione di consulente del governo. In un comunicato datato 20 marzo 1996, lo SEAC affermava che l'esposizione alla BSE costituiva "la spiegazione al presente più verosimile" dell'apparizione di una nuova variante della malattia di Creuztfeldt-Jakob, encefalopatia che colpisce gli esseri umani.
Facendo seguito alle raccomandazioni per la protezione della sanità pubblica dello SEAC nonché a un parere del Comitato scientifico veterinario dell'Unione europea, il 27 marzo 1996 la Commissione ha adottato, come misura di emergenza, una decisione che vietava la spedizione di qualsiasi bovino e di qualsiasi tipo di carni bovine o di prodotti ottenuti a partire da queste ultime dal territorio del Regno Unito verso gli altri Stati membri nonché verso i paesi terzi.
La National Farmers' Union (NFU), nonché nove imprese specializzate nell'allevamento, nel foraggiamento, nel trasporto e nell'esportazione di bovini e nel commercio dei prodotti derivati hanno proposto un ricorso innanzi alla High Court of Justice (Inghilterra), con il quale hanno impugnato vari atti adottati dalle autorità britanniche in osservanza della decisione della Commissione. La High Court ha sottoposto alla Corte di giustizia una questione in merito alla validità della decisione della Commissione. Per parte sua, il Regno Unito ha proposto un ricorso distinto, mediante il quale chiedeva l'annullamento della stessa decisione. Esso ha parimenti proposto una domanda di sospensione dell'esecuzione della decisione impugnata, che però è stata respinta dalla Corte il 12 luglio 1996.
Nelle due cause, gli argomenti relativi all'invalidità della decisione riguardavano, segnatamente, la competenza della Commissione ad adottarla, la questione, se la Commissione avesse commesso uno sviamento di potere e, in terzo luogo, se essa avesse violato il principio di proporzionalità.
Per quanto concerne la competenza della Commissione in materia, la Corte ha rilevato che lo scopo delle direttive sulle quali si fonda tale competenza è quello di permettere alla Commissione di intervenire rapidamente per evitare la diffusione di una malattia tra gli animali o un pericolo per la salute umana. A tal proposito, le nuove informazioni comunicate dallo SEAC modificavano in modo rilevante la percezione del rischio che la BSE costituiva per la salute umana, il che autorizzava pertanto la Commissione ad adottare le misure di salvaguardia.
Dai testi vigenti discende che, in caso di malattia che costituisca un rischio grave per gli animali o per l'uomo, l'immobilizzazione degli animali e dei prodotti e il loro confinamento in un territorio determinato costituisce una misura adeguata. L'efficacia di siffatto confinamento rende necessario un divieto totale di circolazione degli animali e dei prodotti al di là delle frontiere dello Stato membro interessato, comprendente pertanto le esportazioni destinate a paesi terzi. Peraltro, queste direttive non escludono espressamente la competenza della Commissione a vietare le esportazioni verso i paesi terzi.
In considerazione, da un lato, della probabilità di un collegamento tra la BSE e una malattia mortale che colpisce l'essere umano per la quale nessun rimedio è attualmente conosciuto e, dall'altro, dell'incertezza relativa all'adeguatezza e all'efficacia delle misure adottate precedentemente dal Regno Unito e dalla Comunità, la Corte ha ritenuto che la Commissione non ha palesemente sconfinato dai limiti del suo potere discrezionale, adoperandosi al fine di confinare la malattia entro il territorio del Regno Unito con il divieto delle esportazioni di bovini e di prodotti derivati destinate sia agli altri Stati membri, sia ai paesi terzi.
L'argomento riguardante lo sviamento di potere era basato sul fatto che, nella motivazione della decisione, era presente un riferimento alle preoccupazioni dei consumatori. La decisione sarebbe stata peraltro presentata come una misura di sostegno del settore delle carni bovine. La Corte ha tuttavia constatato che l'analisi della motivazione di una decisione deve vertere sul testo nella sua integralità e non su un elemento isolato. Da questa analisi risulta che la Commissione ha adottato le misure provvisorie preoccupata per i rischi di trasmissibilità della BSE all'uomo e che nessun elemento agli atti consente di suffragare la tesi secondo la quale lo scopo esclusivo o determinante della Commissione sarebbe stato quello di rassicurare i consumatori o avrebbe avuto natura economica, invece di mirare alla tutela della salute.
Per quanto concerne la possibilità di una violazione del principio di proporzionalità la Corte ha notato che, all'epoca dell'adozione della decisione impugnata, esisteva una grande incertezza riguardo ai rischi presentati per gli animali vivi, per le carni bovine o per i prodotti derivati. A tal proposito la Corte ha ricordato che, quando sussistono incertezze in merito all'esistenza o alla portata di rischi per la salute delle persone, le istituzioni possono adottare misure di protezione senza dove attendere che la realtà e la gravità di questi rischi siano pienamente dimostrate. Essa ne ha concluso che, tenuto conto della gravità del rischio e dell'urgenza, un divieto temporaneo di esportazione non può essere considerato una misura manifestamente inadeguata e che la Commissione ha dato prova di una prudenza opportuna, vietando globalmente le esportazioni di bovini, di carni bovine e di prodotti derivati, in attesa di maggiori informazioni scientifiche.
Essa ha rilevato segnatamente che solo un divieto di esportazione verso i paesi terzi consentiva di garantire l'efficacia del provvedimento, confinando tutti gli elementi che potevano risultare contaminati dalla BSE nel territorio del Regno Unito, dato che non sarebbe stato possibile escludere totalmente qualsiasi reimportazione di carni o sviamento di traffico se fosse stato ancora consentito di effettuare esportazioni destinate a taluni paesi terzi.
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