Nato nel 1949 a Varsavia (Polonia), Marek Safjan ha effettuato i suoi studi all'Uniwersytet Warszawski (Università di Varsavia, Polonia). Presso quest’ultima ha ottenuto la laurea in giurisprudenza nel 1971 e ha sostenuto la sua tesi di dottorato in giurisprudenza nel 1980. Nel 1990 tale università gli ha conferito il titolo di dottore abilitato in scienze giuridiche e poi, nel 1998, quello di professore titolare in giurisprudenza.

Sempre in seno all'Uniwersytet Warszawski ha iniziato la sua carriera professionale, assumendo un incarico di insegnamento in giurisprudenza dal 1973 in qualità di assistente accademico presso l'Istituto di diritto civile. Dal 1991 al 1998, vi ha impartito corsi in qualità di professore di diritto e ha esercitato altresì le funzioni di direttore in seno all'Istituto di diritto civile. Successivamente è divenuto vice-rettore dell'università dal 1994 al 1997.

Mediante numerosi lavori, ha contribuito attivamente alla ricerca giuridica nei settori del diritto civile, del diritto medico e del diritto europeo, contributi che lo hanno portato a rappresentare la Polonia, dal 1991 al 1997, in seno al Comitato per la bioetica e al Comitato per la protezione dei dati personali del Consiglio d'Europa. Tra il 1994 e il 1998 è stato nominato segretario generale della sezione polacca dell'Association Henri Capitant des amis de la culture juridique française.

Parallelamente alle sue attività accademiche, egli ha ricoperto la carica di direttore della sezione di diritto civile presso l'Instytut Wymiaru Sprawiedliwości (Istituto di diritto e di giustizia, Polonia) dal 1992 al 1997.

Ha poi intrapreso una carriera giudiziaria al Trybunał Konstytucyjny (Corte costituzionale, Polonia): nominato giudice nel 1997, è diventato presidente di tale corte nel 1998, funzione che ha svolto fino al 2006.

Giudice presso la Corte dal 7 ottobre 2009 al 31 gennaio 2024.